南通支云前身是2014年成立的广西龙桂达。2015年12月31日，俱乐部变更工商注册，北迁江苏省南通市，并更名为南通支云足球俱乐部。2018年10月27日，在中国足球乙级联赛半决赛中，南通支云以总比分1-0击败陕西大秦之水，成功打进决赛，并成功升入中甲联赛。
球队主教练谢晖在球员职业生涯期间还曾经效力过多支德国乙级球队。2009年退役后他在上海申花担任助理教练兼新闻发言人。2017赛季开始，他在上海上港担任助理教练，辅佐新任主教练博阿斯。在2020年开始便担任南通支云的主教练。
南通支云在第二阶段战罢，排名梅州赛区第二，中甲第7名。
南通支云在足协杯中的最好成绩便是在2018年打到了第五轮，最终在点球大战中负与四川九牛。
球队前锋查加斯是球队中进球最多的球员，本赛季代表球队出场18次联赛打进6球。
南通支云在本赛季和黑龙江冰城的两次交锋中取得了1胜1平的战绩，稍稍占据优势。