南通支云前身是2014年成立的广西龙桂达，在2014年获得南宁足球超级联赛冠军，以及第四届广西足球超级联赛冠军。同年，代表广西参加了在柳州举行的中国足球协会业余联赛南区决赛，获得了季军。随后在安徽进行的中国足球协会业余联赛总决赛上，广西龙桂达获得第四名，获得2015年中国足协杯参赛资格。2015年12月31日，俱乐部变更工商注册，北迁江苏省南通市，并更名为南通支云足球俱乐部。2018年10月27日，在中国足球乙级联赛半决赛中，南通支云以总比分1-0击败陕西大秦之水，成功打进决赛，并成功升入中甲联赛。
球队主教练谢晖在球员职业生涯期间还曾经效力过多支德国乙级球队。2009年退役后他在上海申花担任助理教练兼新闻发言人。2017赛季开始，他在上海上港担任助理教练，辅佐新任主教练博阿斯。在2020年开始便担任南通支云的主教练。
南通支云在去年的中甲联赛常州保级组中排名第三，成功保级，并最终排名联赛第12名。
南通支云上一轮联赛4-3战胜黑龙江冰城，取得了最近5场联赛中的第3场胜利。
球队中场球员杨明洋是球队中进球最多的球员，本赛季目前的11场联赛打进5球。
球队阵中有多达9名球员取得了进球，球队进攻开花点有很多。