南通支云前身是2014年成立的广西龙桂达。2015年底，俱乐部变更工商注册，北迁江苏南通，并更名为南通支云足球俱乐部。2018年球队拿到中乙亚军，升入中甲。上赛季球队名列中甲联赛第5名。
球队现任主帅为40岁的曹睿，球员时代一直效力于江苏队，退役后曾担任过江苏队的助理教练，先后辅佐崔龙洙、卡佩罗、奥拉罗尤等名帅，并随队拿到了2020赛季中超冠军。在上赛季中期，曹睿接替谢晖成为了南通支云主教练。
南通支云在上赛季的中甲联赛中以20胜5平9负的战绩位列中甲第五，本赛季是被看好冲超的队伍之一。球队本赛季也提出了目标中甲冠军，欲完成冲超任务。
南通支云上轮1-0击败北京北体大，21轮过后仍保持16胜5平的不败战绩，目前高居联赛榜首。
南通支云进攻犀利，21场比赛打进46球，是中甲目前为止进球最多的球队。
南通支云防守稳固，21场比赛仅丢9球，是中甲目前为止丢球最少的球队。
外援科雷亚本赛季保持着稳健的优异状态，联赛中出场21次打进16球还送出4次助攻；另一位外援特拉奥雷出场21次打进8球并送出全队最高的7次助攻。
南通支云引进了毛里塔尼亚边锋奥马尔·卡马拉作为球队的第三外援，他在与四川九牛的比赛中完成首秀并打进处子球。