南通支云前身是2014年成立的广西龙桂达。2015年底，俱乐部变更工商注册，北迁江苏南通，并更名为南通支云足球俱乐部。2018年球队拿到中乙亚军，升入中甲。上赛季球队名列中甲联赛第5名。
球队现任主帅为40岁的曹睿，球员时代一直效力于江苏队，退役后曾担任过江苏队的助理教练，先后辅佐崔龙洙、卡佩罗、奥拉罗尤等名帅，并随队拿到了2020赛季中超冠军。在上赛季中期，曹睿接替谢晖成为了南通支云主教练。
南通支云在上赛季的中甲联赛中以20胜5平9负的战绩位列中甲第五，本赛季是被看好冲超的队伍之一。球队本赛季也提出了目标中甲冠军，欲完成冲超任务。
南通支云的外援前锋科雷亚本赛季状态出色，打进6球并有3次助攻，在身后拥有组织核心特拉奥雷(5球3助)的条件下，南通支云队进攻打法相当立体。
南通支云目前8胜2平保持不败金身，位列中甲积分榜第2位。